我的 Zotero 踩坑记录。

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在之前的 文章(opens new window) 中，我提到文献管理软件多如牛毛 —— EndNote(opens new window) 、Papers(opens new window) 、Mendeley(opens new window) 、Citavi(opens new window) 、NoteExpress(opens new window) 等等，并演示了结合 EndNote 和 Word 实现参考文献自动化的操作步骤。但实际上，我一直没有深入使用过任何一款文献管理工具[1]，主观上有两方面的原因：一是我的文献数目较少，人工管理也还可以，二是文献条目输出需求不高，因为我一般都是直接上数据库网站或者 Google Scholar 下载 BibTeX 文件[2]。

客观上，我之前使用过的文献管理软件确实不太好用 —— 说的就是你 EndNote。不知道什么原因，EndNote 在 macOS 上总是很卡顿，从 Mojave 10.14 开始就与系统显得格格不入，最受不了的一点是它会把导入的 PDF 附件复制一份到自己的数据库中，命名方式还不够友好，强迫症表示不能接受。macOS Catalina 不再支持 32 位应用程序(opens new window) 之后，EndNote 作为电脑中少数几个 32 位应用，就被我「名正言顺」地抛弃掉了[3]。

由于不使用文献管理工具，我的文献管理得很不好，常常散落在四处：iCloud、Dropbox、坚果云、本地磁盘..... 到处都是，并且分类混乱，阅读与查找起来很不方便。

最近着手写作毕业论文，参考文献数目激增，我意识到不能再像以前那样「自由放任」地管理文献了。因此我想要寻找一个文献管理工具 —— 既没有 EndNote 的毛病，又能帮助我高效管理文献。幸运的是，我找到了，它就是 Zotero(opens new window) ！

# Zotero 简介

正如 Zotero 官网(opens new window) 介绍的一样，Zotero 是一个免费、易用的个人研究助手，可以帮助你收集、组织、引用和分享文献。与此同时，Zotero 是一个 开源软件(opens new window) ，很多人为 Zotero 开发了各种各样的 插件(opens new window) ，使得 Zotero 功能丰富，探索潜力无穷。网络上关于 Zotero 的教程可以说是汗牛充栋，因此，本文不会介绍 Zotero 的基本使用，而会介绍一些 Zotero 的特色功能和不太常见的设置技巧。

# 添加文献

添加文献是文献管理的第一步，而 Zotero 添加文献的方式可以说是它的一大特色，让人眼前一亮。在下载 Zotero 的时候，Zotero 的下载页面(opens new window) 会提示我们下载两个部分 —— Zotero 软件本体和浏览器插件 Zotero Connector，其中 Zotero Connector 支持 Chrome、Firefox，暂不支持 Safari，但是目前的 Zotero Beta(opens new window) 版本包含 Zotero Connector for Safari，相信不久之后的正式版就可以在 Safari 中使用 Zotero Connector 了。

当我们浏览数据库时，Zotero Connector 会自动读取当前页面的信息，图标也会随着内容进行变化。比如，打开中国知网之后，点击 Chrome 浏览器右上角的 Zotero Connector 图标，就会自动将该页面的数据保存到 Zotero 中[4]，如果有下载全文的权限，还会将 PDF 附件一同保存下来。

然后打开 Zotero，会发现文献信息连同 PDF 一起保存了下来，并且光标自动定位到了刚刚保存的这条文献条目上。

一般来说，Zotero 会识别常用数据库，正确地保存文献信息。并且不止学术网站，像 豆瓣(opens new window) 这样的网站也是可以识别的，你可以在 这里(opens new window) 找到 Zotero Connector 支持的全部网站，不得不说开源的力量确实很强大！

值得注意的是，我们应该等待网页加载完成之后再点击 Zotero Connector 图标，否则文献数据可能无法被正确地识别，而仅仅被保存为「网页」。

除了利用 Zotero Connector 添加文献，Zotero 还支持通过输入 ISBN 或 DOI，直接拖拽 PDF 或其他附件，RSS 订阅导入，从其他文献管理工具导入等方式添加文献。可以这样说，添加文献在 Zotero 面前简直就是小菜一碟。

# 同步设置

刚接触 Zotero 的时候，它的同步机制是让我比较困惑的地方，网上的大部分教程似乎也没有说得非常清楚。几经折腾，我终于明白了 Zotero 的同步机制：数据同步是通过 Zotero 的服务器进行的，同步的是条目信息，文件同步可以选择 Zotero 或 WebDAV 协议进行同步，同步的是附件。

Zotero 免费账户提供了 300MB 空间用于同步，可通过付费扩容，套餐价格如下表所示。

Storage Amount Annual Price (USD)
300 MB Free
2 GB $20
6 GB $60
Unlimited $120

不得不说这个价格还是非常昂贵的，幸好 Zotero 提供 WebDAV 协议来同步附件，也就是非常占用空间的 PDF 等附件。坚果云(opens new window) 作为国内唯一支持 WebDAV 协议的网盘，成为很多 Zotero 教程用到的同步工具，就连坚果云官方也进行了介绍，你可以前往 坚果云帮助中心(opens new window) 查看。

然而，通过坚果云的 WebDAV 同步之后，得到的附件会如下图所示 —— 文件夹命名不规则，难以区分。如果在 iPad 上阅读，想要找到需要查看的文章，简直就是一场噩梦。

那么应该怎么做？得益于 Zotero 丰富的插件，我们可以利用 Zotfile(opens new window) 来避免文件乱命名的问题，更加高效地管理附件。

# 附件设置

在 这里(opens new window) 下载以 .xpi 结尾的 Zotfile 插件之后，在 Zotero 中安装，然后进行相关设置。

首先打开 Zotero 的偏好设置，前往 高级 -> 文件和文件夹，查看数据存储位置，默认是 ~/Username/Zotero，这是存放文献条目数据的文件夹目录[5]。我为了将其同步，选择的是坚果云中的一个同步文件夹 ~/Username/Nutstore Files/Zotero/Zotero。

然后点击 Zotero 上方 工具 -> Zotfile Preferences，打开 Zotfile 的偏好设置。将 Source Folder for Attaching New Files 的路径设置为 Zotero 数据文件夹下的 storage，这是为了让 Zotfile 监控 Zotero 默认的附件存放目录，从而对附件进行重命名、移动等操作。比如我设置的就是 ~/Username/Nutstore Files/Zotero/Zotero/storage。

最后将 Location of Files 下的 Custome Location 设置为 ~/Username/Nutstore Files/Zotero/Attachments，因此，我的坚果云同步文件夹中就存放了所有的 Zotero 数据，目录结构如下：

Zotero
├── Zotero  # Zotero 数据库文件夹
│		......
├── Attachments   # 附件文件夹
│   ├── Journal
│		  ├── Year
│			  ├── Attachment-1
│   ├── Publisher
│		  ├── Year
│			  ├── Attachment-2
│   ├── ......
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

# 删除多余附件

通过 Zotfile 管理附件存在一个问题：在 Zotero 中删除的文献条目，不会使附件文件夹中对应的附件自动删除，这也是 很多 Zotfile 用户(opens new window) 希望增加的功能，尽管 Zotfile 目前还不支持，但有用户提供了一个 变通方法(opens new window) ：

  1. 关闭 Zotero 附件同步，这里假设附件目录为 ~/Username/Nutstore Files/Zotero/Attachments。
  2. 将 Zotfile 文件夹更改为任何一个其他的目录，比如 ~/Username/Desktop/Zotero。
  3. 在 Zotero 中选择所有条目，点击右键，选择 Manage Attachments -> Rename Attachments，然后 Zotfile 会自动将 Zotero 数据库中存在的条目对应的附件移动到新文件夹中，也就是 ~/Username/Desktop/Zotero。
  4. 将最初的文件夹中的所有内容删除，在删除前最好同步一下，避免可能产生冲突。
  5. 将 Zotfile 文件夹更改为最初的目录 ~/Username/Nutstore Files/Zotero/Attachments。
  6. 在 Zotero 中选择所有文件，点击右键 Manage Attachments -> Rename Attachments，所有的附件就移动到最初的文件夹中了。

因此，确定删除某一篇文献之前，首先应该在 Zotero 中选择它，点击右键，选择 打开文件位置，删除附件，然后再在 Zotero 中删除文献条目。

# 删除重复附件

由于各种原因，有时候同一个文献条目可能对应多个相同的附件，为了解决这个问题，我找到一个还算凑合的方法：

  1. 安装 tree(opens new window) ，macOS 上可以使用 Homebrew 快速安装：
brew install tree
1
  1. 进入附件目录，执行 tree 命令：
cd Attachments
tree -N
1
2

在输出结果中，搜寻同一个文件夹下文件名称非常接近的文件，进入相应文件夹，确认无误后，删除多余的即可。这一步有点考眼力劲儿，不过还是很容易发现的，瞧！下图就是我找到的 😎。

由于 Windows 无法安装 tree（可能有其他功能相似的命令行工具），你可以使用 Visual Studio Code 打开 Attachments 文件夹，在左侧边栏查看当前目录结构，找到重复的附件。

# 移动或重命名附件

我们存放附件的目录不会一直不变化，可能需要根据情况或对附件文件夹进行重命名或移动，然而一旦我们重命名或移动附件文件夹，Zotero 就无法找到了。当然，你可以点击 定位......，手动让 Zotero 知道对应附件所在的位置，但这样一个一个地操作，效率实在是太低了，特别是在文献条目成百上千的情况下。

由于附件是由 Zotfile 管理的，如果我们直接修改附件文件夹，就会出现附件找不到的情况。因此，我们应该遵循一个原则：始终让 Zotfile 知道附件文件夹的位置（这听起来像是一句废话 😂）。

假设我要将附件文件夹从 Attachment 重命名为 Attachments，那么应该这样操作：

  1. 在 Attachment 文件夹的同级目录下新建一个空文件夹 Attachments，比如我将这两个文件夹都放置在 ~/Username/Nutstore Files/Zotero 下。
  2. 点击 Zotero 上方 工具 -> Zotfile Preferences，打开 Zotfile 的偏好设置。将 Location of Files 下的 Custome Location 设置为 ~/Username/Nutstore Files/Zotero/Attachments。
  3. 在 Zotero 中选择所有条目，点击右键，选择 Manage Attachments -> Rename Attachments。然后 Zotfile 自动将 Attachment 中的所有文件移动到 Attachments 中。
  4. 删除 Attachment，完成 ✌️

由于不可预测的原因，可能路径移动错误（比如手抖点错了，我在测试的时候就抖了一下 🤪），导致全部附件都无法找到，也不必担心。我们可以利用 Zutilo(opens new window) 这个插件，来批量修改附件路径。

前往 这里(opens new window) 下载 zutilo.xpi 这个文件，在 Zotero 中安装。重启 Zotero，然后在 Zutilo 首选项中将「修改附件」选择为 Zotero 上下文菜单 或 Zutilo 上下文菜单。

接下来在 Zotero 中全选所有条目，点击右键，选择 Zutilo -> 修改附件路径。首先填写「要替换的附件目录旧部分路径」，比如 /Attachment，然后填写「替换匹配旧部分路径的附件所使用的新部分路径」，比如 /Attachments，就可以将全部文献路径修改正确。

# 小结

Zotero 功能强大，可以高度自定义，多加探索还会发现不少的彩蛋，大幅提高我们的文献管理效率。我接触 Zotero 的时间不长，还有很多技巧或设置没有涉及到，以后有什么新发现，会持续更新到这里的。如果你有什么问题或经验，欢迎在下方留言或 来信 交流探讨 🤓。

  1. 使用 EndNote 是因为学校图书馆已购买，除了演示之外几乎没有用过。 ↩︎

  2. 有时候也会直接复制 GB/T 7714 要求的参考文献格式，粘贴到 Word 或 Markdown 编辑器中 🤪 ↩︎

  3. 虽然 EndNote 官网 宣称(opens new window) 适配了最新的 macOS Catalina，但不确定图书馆购买的版本是否也进行了适配。 ↩︎

  4. 默认保存在 Zotero 当前打开的文件夹，也可以手动进行选择。 ↩︎

  5. 事实上 Zotero 的文献条目信息是一个数据库，主要存储在 zotero.sqlite 中。 ↩︎